연꽃을 으뜸무늬로 하는 연화머리초는 건물의 종류나 격식의 높고 낮음에 관계없이 모로단청·금단청의 머리초고 가장 많이 쓰는 대표적인 머리초이다. 연화머리초의 주문양은 속녹화를 꽃받침으로 하여 활짝 핀 연꽃잎 위에 항아리를 얹은 석류동을 올려놓은 것이다. 그 주변에는 주화를 배치하고 바깥에는 녹화를 돌려 드리며 하엽바탕색을 남겨 두고, 녹·황실을 돌려 감아 머리초를 완성한다. 연꽃은 우리나라 단청에 가장 많이 쓰이는 문양 요소이다. 연꽃은 군자의 상징으로 비유되었다. 송(宋)나라 유학자 주돈이는 자신이 노래한 「애련설(愛蓮說)」에서 “꽃 가운데 국화는 속세를 떠난 군자요, 모란은 부귀한 자이며, 연꽃은 군자(君子)라 생각한다.”고 찬양하였다. 이와 같이 진흙탕에서도 물들지 않고 청아하게 피어나는 연꽃을 유교에서는 덕망 높은 군자를 상징하는 꽃으로 여겼던 것이다. 따라서 연꽃문양의 단청은 사찰뿐만 아니라 조선시대의 향교나 서원에서도 빼놓을 수 없는 단청 문양으로 각광받았다. 아울러 연꽃은 많은 아들을 낳기를 기원하는 의미를 담고 있기 때문에 궁궐의 단청에서도 즐겨 사용되는 문양이다.